2002年2月2日，国务院批准成立甘肃民勤连古城国家级自然保护区。

2005年3月4日，经甘肃省机构编制委员会办公室批准（甘机编办通字[2005]8号），成立甘肃民勤连古城国家级自然保护区管理局，隶属原省林业厅管理，正处级事业建制，核定事业编制35名。

 2005年8月3日，根据原省林业厅《关于成立甘肃民勤连古城国家级自然保护区管理局的通知》（甘林人字[2005]179号）和《关于甘肃民勤连古城国家级自然保护区管理局增设内设机构的批复》（甘林人字[2007]192号）精神，管理局内设办公室、组织人事科、计划财务科、保护监测科、科研管理科、产业开发管理办公室等6个职能科室，编制35人，由省财政供给。下辖黄岭、三角城、连古城、勤锋、花儿园、红崖山、南湖等7个保护站，均为正科级建制，由管理局和民勤县政府双重管理，其经费由地方财政供给，人员由地方政府调配管理。

 2018年1月6日，根据甘肃省人民政府第176次常务会议，“同意调整民勤连古城国家级自然保护区管理体制，将保护区管理局保护站与区乡林业工作站分设，民勤县保留区乡林业工作站机构，保护站人员编制上划省林业厅”。

 2018年8月21日，根据《甘肃省机构编制委员会办公室关于调整甘肃民勤连古城国家级自然保护区管理局机构编制的批复》（甘机编办复字﹝2018﹞57号）精神，“同意将甘肃民勤连古城国家级自然保护区管理局三角城等7个保护站与民勤县县属林业单位分设，从民勤县县属林业单位给连古城管理局划转全额事业编制35名。”

 2019年5月23日，根据中共甘肃省林业和草原局党组《关于甘肃民勤连古城国家级自然保护区管理局调整内设机构和科级领导职数的批复》（甘林党发﹝2019﹞69号）精神，批复同意保护区管理局内设办公室、组织人事科、计划财务科、保护监测科、科研管理科、信息管理科等6个职能科室，下设黄岭、三角城、连古城、勤锋、花儿园、红崖山、南湖等7个保护站，保护站由管理局直接管理，均为正科级建制，经费由省级财政供给，人员均由保护区管理局调配管理。